Desde finales del 2018 y enero del 2019, Colciencias implementó una estrategia para trabajar de la mano con los Consejos Departamentales de Ciencia, Tecnología e Innovación (CODECTI) la guía para la definición de los Retos del Desarrollo Regional y la asignación de porcentajes de inversión.
Son 5 retos regionales a los cuales le apuesta el Departamento de Nariño, en los focos de Agropecuario-Agroindustria, Biodiversidad, Desarrollo Humano y Social, Energía Alternativas, Medio Ambiente y Salud.